南京农业大学研究生(南京农业大学研究生院)

南京农业大学研究生，南京农业大学研究生院

撰文 | 刘金定

责编 | 王一

海量植物转录组测序数据贮存于NCBI等国际大型仓储公共数据库，其蕴藏的重要信息尚未得到充分挖掘和再利用。针对该问题，南京农业大学前沿交叉研究院刘金定副教授在学校“团队+”交叉创新研究计划支持下，与校内外实验室协作，构建了一个大型植物基因表达数据库，为研究人员利用大规模公共组学数据提供了一站式数据资源和分析平台。近日，相关研究成果“PlantExp: a platform for exploration of gene expression and alternative splicing based on public plant RNA-seq samples”发表于生物信息学权威期刊Nucleic Acids Research。

美国SRA、欧洲ENA、日本DRA以及我国GSA等仓储数据库中存储了大量植物转录组原始测序数据。测序数据容量大、计算过程难度高、分析需求多样化等特点导致公共数据平台中的植物转录组数据很难被生物学研究人员重分析和再利用，价值难以发挥。为此，前沿院构建了一个涵盖不同专业背景科研人员的“团队+”课题组，通过协作搜集整理了85个植物共13万个转录组测序样本，开发了标准化流程采集样本中植物基因表达和可变剪接数据，构建了一个基于web的数据库平台。该数据库平台不仅支持对基因表达和可变剪接的检索，而且还提供了多种灵活、便捷的在线分析功能 （包括差异表达分析、特异表达分析、共表达网络分析以及跨物种表达保守性分析等） ，以帮助植物学研究人员对公共转录组数据进行挖掘和利用。此外，数据库提供了大量实用性图表和可视化功能，为深入研究植物基因功能进一步提供了直观的参考。

该论文以南京农业大学为第一知识产权单位，前沿院刘金定副教授为第一作者；植保院沈丹宇副教授、密西根州立大学黄温教授和植保院/前沿院窦道龙教授为论文共同通讯作者。该研究工作得到了“国家自然科学基金和中药材现代农业产业技术体系等项目的资助。

今年来，为深入推进交叉创新研究，创新科研组织范式，南京农业大学依托前沿交叉研究院开始实施“团队+”交叉创新研究计划。该计划旨在搭建校内交叉科研桥梁，以学校优势研究对象、团队或平台为主体，以需求和问题为导向，打破学科壁垒，通过“虚实结合”方式融合暂无团队依托的青年老师，组建大兵团协同攻关，推动团队和青年老师合作共赢，提升学校科研创新活力。在该计划支持下，以往“单兵作战”的刘金定副教授主动融入学校作物疫病控制团队，瞄准作物疫病研究中大数据分析难题，发挥自己生物信息学优势，发现基因的可变剪接在疫霉菌与寄主植物互作中起重要作用。基于此科学发现，刘金定成功获批了国家自然科学基金面上项目，并发表了高水平论文。

论文链接：

https://doi.org/10.1093/nar/gkac917

数据库链接：

https://biotec.njau.edu.cn/plantExp

南京农业大学研究生(南京农业大学研究生院)