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中国科学院大学是一所以研究生教育为主的科教融合、独具特色的高等学校。基于中国科学院各研究所的高水平科研优势和高层次人才资源， 国科大形成了由京内4个校区16个院系和分布全国的118个研究所组成的培养体系。国科大各院系和中科院各研究所都是学校的培养单位。
1.中国科学院南京天文光学技术研究所
中国科学院国家天文台南京天文光学技术研究所成立于2001年4月，其前身为成立于1958年的原中国科学院南京天文仪器厂（南京天文仪器研制中心）的科研部分及高技术镜面实验室。南京天文光学技术研究所是我国专业天文仪器研制和天文技术研究发展的重要基地。四十年多来共为我国天文观测研制了三十多台天文仪器其中的典型代表是 2.16米光学天文望远镜和II型光电等高仪，并为美国、西班牙、日本和南朝鲜等国研制了多台天文仪器。南京天光所拥有“天文学”、“光学工程”两个博士后科研流动站，是中国科学院大学“天文学”、“光学工程”两个一级学科和“天体物理”、“天文技术与方法”、“精密仪器及机械”三个二级学科的硕士、博士研究生培养点，以及“仪器仪表工程”一个全日制专业学位的培养点，已培养300多名博士、硕士研究生。2.中国科学院紫金山天文台
中国科学院紫金山天文台前身是1928年2月成立的国立中央研究院天文研究所，1950年5月20日更名为中国科学院紫金山天文台。紫台是我国自己建立的第一个现代天文学研究机构，被誉为“中国现代天文学的摇篮”。紫台是以天体物理和天体力学为主要研究方向的研究所。紫台是国务院学位委员会批准的首批硕士学位和博士学位授予权单位之一。现设有1个天文学一级学科博士、硕士研究生培养点，电子与信息工程博士和控制工程、电子与通讯工程2个工程硕士全日制专业学位培养点，天体物理、天体测量和天体力学、天文技术与方法3个专业二级学科硕士、博士研究生培养点，并设有天文学博士后流动站。紫台自2016年起与中国科技大学通过科教融合机制共建“天文与空间科学学院”。3.中科院南京地质古生物研究所
中国科学院南京地质古生物研究所成立于1951年，其前身为前中央研究院地质研究所及前中央地质调查所等机构的古生物室(组)，目前是我国唯一的从事古生物学(古无脊椎动物学与古植物学)和地层学研究的专业机构。本所是国务院学位委员会首批批准的博士、硕士学位授予权单位之一。现设有“古生物学与地层学”、“地球生物学”、“地质工程”和“ 矿物学、岩石学、矿床学”四个专业二级学科硕士研究生培养点，“古生物学与地层学”、“地球生物学”和“矿物学、岩石学、矿床学”三个博士研究生培养点。4.中国科学院南京地理与湖泊研究所
中国科学院南京地理与湖泊研究所的前身系1940年8月在重庆北碚成立的中国地理研究所，是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构，中国科学院院士黄秉维、任美锷、周立三曾先后担任过所长。 研究所的战略定位是开展自然和人文要素驱动下湖泊－流域系统过程、格局及其相互作用与调控机理研究，为湖泊环境保护与资源合理利用、湖泊-流域系统演变与调控、区域可持续发展做出基础性、战略性和前瞻性贡献。设有地理学博士后流动站，地理学、环境科学与工程2个专业一级学科学位授予点，包括自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学4个博士学位授予点和自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学、环境工程、建筑与土木工程6个硕士学位授予点。5.中国科学院南京土壤研究所
中国科学院南京土壤研究所成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。南京土壤研究所紧密围绕中国科学院“三个面向”“四个率先”新时期办院方针，聚焦实施乡村振兴和建设美丽中国等重大战略部署，以土壤资源与信息、土壤地力与保育、土壤环境与修复、植物营养与肥料、土壤生物与生态等为核心研究领域，全面实施“一三五”规划，促进产出重大原创成果，率先开展“四类机构”改革，以优秀的成绩圆满完成了特色所试点建设的总体目标，为实现创新跨越发展、建设国际化一流科研机构奠定了坚实基础。南京土壤研究所是1981年国务院学位委员会批准的首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，现设有农业资源与环境、环境科学与工程、生态学等3个一级学科博士研究生培养点，土壤学、植物营养学、环境科学等11个专业二级学科硕士研究生培养点，并设有农业资源与环境、环境科学与工程2个一级学科博士后流动站。6.中科院南京天文仪器有限公司
中科院南京天文仪器有限公司(NAIRC)(原中国科学院南京天文仪器研制中心)创建于1958年,是以研制大中型天文仪器为主,兼顾其它光机电、计算机技术一体化仪器的专业研制基地。公司拥有一支以院士为首的技术研发队伍,具有仪器总体、光学、精密机械、自动控制、天文学、计算机技术等综合学科的研究和设计优势。公司是中国科学技术大学“天体物理”、“天文技术与方法”学科的硕士生培养点。天仪中心已具备完整培养研究生的能力，先后于1993年和1997年报经国务院学位委员会批准为理学类天体物理专业天文仪器技术与方法学科领域的硕士和博士学位授予单位。 中国科学院南京地理与湖泊研究所()
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